蛋白组学
解析蛋白质组组成，挖掘关键生物标志物，从功能执行终端解读生命机理。
PRM 靶向蛋白组
PRM靶向蛋白组学（Parallel Reaction Monitoring Targeted Proteomics）是依托高分辨质谱技术开发的精准靶向定量蛋白组学方法，聚焦“已知目标蛋白/肽段”的特异性检测与定量，通过预先设定质谱采集参数，对目标分子进行靶向扫描，实现从复杂样本中高效捕获、精准定量目标蛋白（及修饰位点）的目的。其核心价值在于解决了传统靶向技术（如ELISA）通量低、交叉反应干扰大，以及非靶向蛋白组学定量准确性不足、低丰度蛋白检出难的痛点。
原理介绍
PRM是一种基于LC-MS/MS的靶向蛋白质分析技术,能够对目标蛋白、目标肽段(包括发生翻译后修饰的肽段)进行高选择性、特异性、重复性和准确性检测,从而实现对目标蛋白/肽段的相对或绝对定量分析。PRM靶向蛋白组学的核心原理是目标肽段预设，靶向质谱采集，精准定量分析，具体流程为：样本预处理与蛋白制备，目标肽段筛选与方法建立，PRM靶向质谱采集，数据分析与定量校正。
文献案例
《Proteomics》期刊上上“Parallel-reaction monitoring revealed altered expression of a number of epitranscriptomic reader, writer, and eraser proteins accompanied with colorectal cancer metastasis”的研究论文结合PRM靶向蛋白组学与SILAC稳定同位素标记技术，分析了匹配的原发性/转移性结直肠癌细胞（SW480/SW620）中表观转录组“读-写-擦”蛋白（RWE）的差异表达。结果显示，113种非冗余RWE蛋白被定量，其中48种在转移性细胞（SW620）中显著上调（>1.5倍），5种显著下调。功能分析发现，上调的NAT10、hnRNPC和DKC1等蛋白在结直肠癌及其他癌症的转移中发挥重要作用；DUS1L的异常表达与结直肠癌的发生和转移转化相关。该研究证实，PRM技术可有效识别与癌症转移相关的表观转录组调控蛋白，为结直肠癌的精准治疗提供了新的潜在靶点。
送样标准
新鲜组织：≥50mg（动物组织）、≥200mg（植物组织）； FFPE组织：5-10μm切片≥10张，组织面积≥20mm²；
贴壁细胞：≥2×10⁶个； 悬浮细胞：≥3×10⁶个；
血清/血浆：≥1mL（常规检测）、≥3mL（低丰度蛋白）； 尿液/脑脊液：尿液≥5mL、脑脊液≥1m；
蛋白样本：总量≥50μg（常规检测）、≥100μg（低丰度蛋白）； 肽段样本：总量≥20μg。
交付内容
数据质量控制报告
样本质量：蛋白提取量、肽段回收率、目标肽段检出率； 质谱检测质量：碎片离子峰分辨率、Q30比例、目标肽段峰形评分； 定量质量：目标蛋白定量CV值、生物学重复相关性、内标回收率。
蛋白定量与注释结果
定量矩阵：目标蛋白/肽段的相对丰度（峰面积比值）或绝对浓度（pg/ml，含内标校正）、FC值、P值、FDR值； 差异分析结果：差异目标蛋白列表（\|FC\|≥1.2、P\<0.05）、定量柱状图/热图、目标肽段碎片离子图谱； 数据库注释：目标蛋白功能描述、亚细胞定位、已知疾病关联、修饰位点信息。
功能分析结果
目标蛋白关联分析：GO/KEGG通路富集图； 临床价值分析：ROC曲线（诊断效能）、生存分析曲线； 方法学验证报告：线性范围、检出限（LOD）、定量限（LOQ）、回收率验证结果。
分析与解读报告
核心结论：目标蛋白的定量结果、差异显著性、与研究表型的关联强度； 结果解读：核心目标蛋白的生物学意义。
常见问题
通过样本预处理和方法优化提升检出率：①样本层面：增加起始样本量，使用高丰度蛋白去除试剂盒减少干扰；②肽段层面：选择离子化效率高的特征肽段，添加稳定同位素内标校正损失；③质谱层面：提高目标肽段扫描次数（≥20次），延长梯度洗脱时间（60-90分钟），优化碰撞能量提升碎片离子信号强度。
定量准确性通过多重验证保障：①方法学验证：检测线性范围（R²≥0.99）、检出限（LOD）、回收率（90%-110%）；②交叉验证：与Western blot对比，高丰度蛋白一致性达85%以上，低丰度蛋白一致性达70%以上；③内标校正：添加同位素标记内标，校正样本处理、酶解、质谱检测过程中的误差，绝对定量偏差≤10%。
可以，需针对性优化实验设计：①样本预处理：添加去修饰酶抑制剂，避免修饰位点丢失；②肽段选择：优先选择包含单一修饰位点的肽段，避免多修饰位点干扰；③质谱参数：优化碰撞能量，选择修饰位点特异性碎片离子进行定量；④定量校正：添加修饰位点的同位素内标肽段，确保定量准确性。
