转录组学
精准捕捉基因表达动态，揭示调控机制，为您还原不同实验条件下基因的响应模式。
lncRNA 测序
长链非编码RNA（long noncoding RNA, lncRNA）是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA，通过与DNA、RNA或蛋白质结合，在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。lncRNA测序针对有参考基因组样本开展准确的lncRNA鉴定和lncRNA靶基因预测，同时提供针对测序数据中mRNA的分析，结果更全面，广泛应用于医学、农学研究领域。
原理介绍
利用高通量测序技术进行lncRNA 测序及生物信息学分析，可快速准确地发现那些具有重要调控功能的lncRNA，分析其与特定生物学过程的关系，深入探索lncRNA的功能及其表达调控机制。包括竞争结合miRNA的ceRNA调控机制，及对染色质结构进行一系列调控如增强子、启动子、绝缘子等。获取Total RNA样本进行rRNA去，cDNA合成（链特异性建库），加入fragmentation buffer将RNA打断成250-300bp短片段，用六碱基随机引物合成一链cDNA。加入缓冲液、dNTPs和DNA polymerase I合成二链cDNA，利用AMPure XP beads纯化双链cDNA。末端修复加接头，纯化的双链cDNA再进行末端修复、加A尾并连接测序接头，用AMPure XP beads进行片段大小选择，用USER酶降解含有U的cDNA第二链，用AMPure XP beads进行片段大小选择。
文献案例
《Molecular Cancer》期刊上“Integrative Multi-Omics Analysis Reveals the lncRNA 60967.1–PLCD4–ATRA Axis as a Key Regulator of Colorectal Cancer Progression and Immune Response”的研究论文通过多组学分析（转录组、蛋白质组、代谢组）发现lncRNA 60967.1在CRC组织中显著下调，其过表达可恢复肿瘤抑制基因PLCD4的表达，提高全反式视黄酸（ATRA）水平，从而增强IFN-γ诱导的凋亡、增加IFNGR1表达，部分逆转IFN-γ抗性。在小鼠模型中，lncRNA 60967.1过表达促进免疫细胞浸润，与抗PD-1治疗协同抑制肿瘤生长。该研究揭示了lncRNA-代谢物-免疫微环境的调控网络，为CRC免疫治疗提供了新靶点。
送样标准
内脏组织、脑组织≥0.2g，脂肪、皮肤、骨头、血管等其他组织≥0.4 g。
叶片、花≥0.2g，根、茎、种子等其他组织≥0.7 g。
≥5*106个 。
≥3ml（EDTA抗凝管） 。
总量：≥1ug；浓度：≥50ng/uL。
交付内容
参考序列比对分析拼接
序列拼接组装、IncRNA 筛选、新预测IncRNA 结构特征分析。
表达水平分析
样品间相关性分析、cis 作用靶基因预测。
IncRNA 靶基因预测
trans 作用靶基因预测。
差异分析
差异表达水平分析、GO 富集分析、功能富集分析、KEGG 富集分析、差异表达基因的蛋白互作网络分析、可变剪接分析。
结构分析
融合基因分析、SNP/InDel 分析。
常见问题
要做lncRNA测序分析，对物种有以下要求： a. 物种为真核生物；b. 物种具有参考基因组，至少拼接到scaffold水平；c. 具有较为完整的注释。
可以，关联分析的思路类似于lncRNA 和 mRNA 的关联分析，蛋白质组差异表达蛋白和差异表达 LncRNA 靶基因编码蛋白交集分析（聚类，功能富集）
长链非编码RNA建库主要采用去除rRNA，构建链特异性文库，目前建库比较稳定。适用于人、鼠、动植物等物种。
Tophat和Cufflinks（构建转录本），Infernal（家族分类），CPC（对转录本编码能力进行预测），Blast（比对），SOAP（过滤实验中未去除干净的rRNA，及lncRNA表达定量比对）。
可以，长链非编码RNA建库模式采用去核糖体方式建库，对所获得的RNA进行打断测序，相当于获得全部RNA，即可以进行分析环状RNA表达情况，可应用于分析各物种环状RNA表达谱。
人标品：已知mRNA定量与qPCR定量斯皮尔曼系数达到0.88。
