表观组学
解析非序列层面的遗传修饰规律，探索环境如何通过修饰影响基因表达。
CUT&TAG
Cut&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation) 是Steven Henikoff实验室于2019年开发的一项革命性新技术。在表观遗传学研究中，绘制全基因组范围内的蛋白质-DNA相互作用图谱至关重要。传统技术如染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 是金标准，但它存在一些固有缺点：需要大量起始细胞（通常百万级）、交联可能引入偏差、实验流程长、背景噪音较高。它旨在解决ChIP-seq的痛点。Cut&Tag在细胞内、原位完成免疫靶向和DNA切割，直接富集目标蛋白结合的DNA片段，因此具有信噪比极高、所需细胞量极少（低至60个细胞）、流程快速、分辨率高等突出优势，迅速成为表观遗传学研究的新利器。
原理介绍
Cut&Tag的原理基于蛋白质A-Tn5融合蛋白 (pA-Tn5) 的定向标签化活性。原位免疫结合：将通透后的细胞核与特异性一抗孵育，一抗识别目标蛋白（如转录因子、组蛋白修饰）。pA-Tn5融合蛋白结合：加入pA-Tn5融合蛋白。蛋白A部分与一抗的Fc段高亲和力结合，从而将Tn5转座酶精准地导航至目标蛋白的结合位点。激活与标签化：加入Mg²⁺激活Tn5。Tn5转座酶在抗体结合的原位，对附近的基因组DNA进行切割并同时连接上测序接头（即“标签化”）。DNA片段释放与测序：通过升温或添加SDS使细胞裂解，释放出这些带有接头的短DNA片段。这些片段即代表目标蛋白的结合区域，随后进行PCR扩增和建库测序。
文献案例
《Nature Genetics》期刊上发表的" Automated CUT&Tag profiling of chromatin heterogeneity in mixed-lineage leukemia."研究论文利用自主研发的自动化Cut&Tag/Cut&RUN技术，对KMT2A重排白血病样本进行高通量染色质图谱分析，发现不同KMT2A融合蛋白特异性结合靶基因基因体区域，并在启动子处形成动态“二价”染色质（H3K4me3/H3K27me3共存）；通过单细胞Cut&Tag揭示该“二价”状态实为肿瘤内细胞间染色质异质性的体现，从而解释了白血病细胞在髓系与淋系间转换的谱系可塑性机制；同时，研究还表明融合伴侣类型影响DOT1L、Menin等共因子招募能力，可据此预测患者对相应抑制剂的敏感性，凸显了自动化表观基因组分析在精准诊疗中的应用潜力。
送样标准
≥20万个细胞/样本
>300 mg。
幼嫩叶片≥0.3g / 份，种子 / 根 / 茎≥0.5-1g / 份
交付内容
实验内部质控分析
片段大小分布，TSS 富集分析，全基因组覆盖评估，样本间相关性分析。
标准分析
Peak 识别与基础注释，Peak Calling、Peak 基础统计、基因组特征注释
功能富集分析
Peak 关联基因鉴定，GO 与 KEGG 富集分析
Motif 分析
De novo Motif 发现，已知Motif 匹配
高级分析
多组比较与差异Peak 分析
常见问题
1）抗体依赖性：结果高度依赖一抗的特异性和亲和力。2）对难通透样本不友好：如植物细胞、真菌、某些组织切片，可能需要优化通透条件。3）定量性争议：由于是原位富集，峰的高度是否严格与蛋白结合量线性相关存在讨论，更适合定性或半定量比较。
背景高：细胞通透过度或不足；抗体浓度过高或非特异性结合；pA-Tn5过量或含有游离Tn5；DNA纯化过程中引入污染。无信号：抗体失效或不适用于Cut&Tag；pA-Tn5失活；Mg²⁺激活步骤失败；PCR扩增失败。
